Institutul Pasteur a fost înființat în anul 1895 în cadrul Școlii Superioare de Medicină Veterinară ca Institutul de Vaccin Animal. La începutul secolului al XX-lea era al treilea Institut de acest fel din Europa.

Din anul 2007 Institutul Pasteur a devenit societate pe acțiuni, persoană juridică română, cu capital integral privat, acreditată pentru cercetare și coordonată științific de către Academia de Științe Agricole și Silvice „Gheorghe Ionescu-Sisești”.