Din 1989 încoace, au avut loc numeroase schimbări în structura universității și corpul didactic a trebuit să reorganizeze procesul educațional, profilul facultății, curricula și mai ales a fost necesară diminuarea vârstei medii a personalului. Aceste schimbări s-au efectuat sub îndrumarea profesorilor activi și a celor consultanți, cu concursul conducerilor departamentelor, după consultări cu universitățile europene cu care universitatea noastră întreține relații de colaborare. Beneficiile aduse de aceste schimbări devin evidente în timp și prin intermediul feed-back-ului primit din partea studenților.

Grație fondurilor obținute de la Uniunea Europeană și prin câteva donații, au fost implementate noi facilități didactice, altele au fost recondiționate și fiecare departament a beneficiat de echipament logistic nou. În acord cu Legea Învățământului, Charta Universității și Regulamentele interne ale facultății, în anul 1996 au fost stabilite două departamente: Departamentul de Biologie și Departamentul de Geologie. Grădina Botanică, Muzeul de Zoologie (incluzând un vivariu de mare interes), precum și Muzeele de Geologie-Paleontologie și de Mineralogie, funcționează ca facilități ce fac parte integrantă din structurile facultății.