După unirea Principatelor, repetatele încercări ale unor ierarhi şi ale Sinodului General al Bisericii Ortodoxe Române au dus în cele din urmă la deschiderea oficială a Facultăţii de Teologie, la data de 12 nov. 1881. Abia în anul 1890, Legea privind Facultatea de Teologie din Bucureşti recunoştea înfiinţarea acestei Facultăţi.

Începând cu anul universitar 2005-2006, structura învăţământului teologic universitar a fost schimbată conform cerinţelor aderării României la Comunitatea Europeană şi potrivit principiilor Chartei de la Bologna. Astfel, studiile au fost organizate pe un singur domeniu, acela al teologiei ortodoxe, cu patru specializari: Teologie pastorală, Teologie didactică, Teologie socială, Artă sacră, pe o durata de 3 ani - licenţa, 2 ani - master şi 3 ani - doctorat. Protocolul preciza, la Art. 4, că cifra de şcolarizare va fi stabilită pentru Specializarea de Teologie Pastorală de către Patriarhia Română, iar pentru dubla specializare de către Patriarhie şi Instituţia de învăţământ superior. De asemenea, se stipula: "... participarea studentilor teologi la programul liturgic fixat de Biserică pentru Facultatile de Teologie ramâne o componentă indispensabilă a programului de formare teologică şi, deci, obligatoriu" .