Senatul Universităţii, în şedinţa din 9 decembrie 1991, a aprobat înfiinţarea Facultăţii de Teologie şi includerea acesteia în structura academică a Universităţii din Craiova. A urmat procedura de recunoaştere a Facultăţii de către Ministerul Educaţiei, după ce, în prealabil, Sf.Sinod a aprobat înfiinţarea Facultăţii de Teologie din Craiova. Astfel, Facultatea de Teologie a luat fiinţă, începând cu 1 octombrie 1992, în urma Protocolului dintre Ministerul Învăţământului şi Ştiinţei şi Patriarhia Ortodoxă Română (nr.9870/30.05.1991) prin Ordinul Ministrului Învăţământului şi Ştiinţei nr.918/ 30.01.1992, aflându-se sub dublă jurisdicţie, cea a Mitropoliei Olteniei şi a Universităţii din Craiova. Începând cu anul universitar 2005-2006, învăţământul superior românesc se afiliază prevederilor Declaraţiei de la Bologna. Ca urmare, învăţământul superior teologic ortodox se înscrie în spiritul şi litera prevederilor H.G.nr.88/2005, precum şi ale Ord.M.Ed.C. nr.3235/2005, care pune în aplicare măsurile cuprinse în cel de-al doilea capitol din Legea nr.288/2004, capitol referitor la organizarea ciclului de studii de licenţă începând cu anul universitar 2005-2006. Ca urmare a noii organizări a sistemului de învăţământ superior românesc, Facultatea de Teologie are în prezent următoarea structură academică acreditată de către Consiliul Naţional de Evaluare şi Acreditare Academică a Universităţii. I. Studii Universitare de Licenţă II. Studii Universitare de Master III.Şcoala Doctorală