În anul 1990, în cadrul Facultăţii de Istorie şi Filosofie din Cluj a fost înfiinţată Catedra de Istorie Modernă, transformată în anul 2011 în Departamentul de Istorie Modernă, Arhivistică şi Etnologie. Departamentul de istorie modernă a fost în tot acest timp una dintre cele mai performante structuri didactice şi de cercetare din cadrul UBB. Departamentul asigură formarea de bază în Istorie Modernă, nivel licenţă, susţine specializările Arhivistică şi Etnologie, precum şi masteratele de Socio-antropologie istorică şi Istoria Europei de sud-est. În cadrul departamentului funcţionează cinci conducători de doctorat, iar doctoranzii cu frecvenţă afiliaţi predau seminarii şi desfăşoară activităţi de cercetare. Membrii departamentului au câştigat granturi majore de cercetare, finanţate de Comisia Europeană, Banca Mondială sau CNCSIS. În cadrul departamentului s-au afirmat o serie de direcţii prioritare de cercetare, cum sunt Istoria Bisericii, Antropologia Istorică, Demografia Istorică, Imagologia Comparată. Acestea sunt structurate în jurul câtorva centre de cercetare, creatoare de şcoală, cu o bogată activitate ştiinţifică şi publicaţii proprii: Institutul de Istorie Ecleziastică, Seminarul de Antropologie Istorică şi Seminarul de Demografie Istorică. Membrii departamentului au publicat la edituri prestigioase din ţară şi din străinătate, cum ar fi Humanitas, Polirom, Editura Academiei, Paideia, Corint, Peter Lang, Böhlau Verlag, L'Harmattan, CEU Press, Vita e Pensiero. Departamentul se bucură de o vizibilitate internaţională semnificativă şi întreţine relaţii oficiale de colaborare cu instituţii de marcă din străinătate, cum ar fi Institut National des Langues et Cultures Orientales, din Paris, Universitatea din Pisa sau Universitatea din Graz.