Paraclisul reprezintă partea cea mai veche a reşedinţei. Ridicat o dată cu vechea stăreţie, ctitorită de Constantin Voda Şerban (1654-1658), transformată apoi în reşedinţă mitropolitană, paraclisul a fost consolidat pe vremea mitropolitului TEODOSIE (1666-1672 si 1679-1708), cu contribuţia domnitorului GHEORGHE DUCA (1673-1678), când se presupune că i s-a dat şi hramul Sfantul Mare Mucenic Gheorghe. Mai tarziu, in 1723, cum aminteşte pisania greceasca a versificatorului Dumitru Nottara, de pe peretele dinspre nord, i s-au făcut lucrări radicale de restaurare şi înfrumuseţare de către domnitorul Nicolae Mavrocordat (1719-1730) şi Mitropolitul Danil (1719-1731), înfăţişaţi în chip de ctitori pe peretele dinspre apus. între altele, paraclisul a fost zugrăvit, i s-a facut tâmpla de lemn sculptat în stil brancovenesc şi uşa din doua canate, fixata în rama cioplită în piatra. Atunci i s-a dat, ca al doilea hram, Sfantul Daniil. În anul 1880, în vremea mitropolitului primat Calinic Miclescu (1875-1886), pictorul G.I. Pompilian a spalat şi a completat zugrăveala căzută pe alocuri, iar peste cateva decenii, între 1960-1961, patriarhul Iustinian (1948-1977) a refăcut turla de pe naos, căzută în urma unui cutremur în a doua jumătate a secolului al XIX-lea. În spiritul înaintaşilor săi, între anii 1987-1989, patriarhul Teoctist a conservat şi restaurat tâmpla şi a consolidat exteriorul. Prin eleganţa proporţiilor, absida pentagonala şi turla sveltă, prin valoarea picturii bine conservate, frumuseţea compoziţiei decorative şi măiestria cu care este lucrată tâmpla de lemn ajurat şi poleit, paraclisul îşi merită atributul de unicat de arta şi arhitectură, adevărat giuvaer al Reţedinţei Patriarhale. La aceasta se adaugă şi faptul că paraclisul adăposteşte o parte din Moaştele Sfântului Ioan Gura de aur ferecate într-o ripidă de argint şi aşezate într-o racla cu geam, de stejar sculptat. Ele au fost dăruite Patriarhiei Romane de către Cardinalul Florenţei, Silvano Piovanelli, cu prilejul vizitei la Bucureşti în octombrie 1997.

Potrivit altor surse, paraclisul ar fi fost ridicat în sec. XVIII şi reprezenta cea mai importantă lucrare din cadrul complexului patriarhal. Din textul grecesc al lui Gheorgulis Nottaras de la 1723, reiese că autorul paraclisului ar fi fost domnul Nicolae Mavrocordat. Cronica lui Radu Popescu confirmă că în 1723 s-ar fi "isprăvit şi paraclisul de la Mitropolie".