Facultatea de Istorie şi Filosofie cuprinde 8 departamente: Departamentul de Istorie Antică şi Arheologie, Departamentul de Istorie Medievală, Premodernă şi Istoria Artei, Departamentul de Istorie Modernă, Arhivistică şi Etnologie, Departamentul de Studii Internaţionale şi Istorie Contemporană, Departamentul de Istorie în Limba maghiară, Departamentul de Filosfie, Departamentul de Filosofie Premodernă şi Românească, Departamentul de Filosofie în Limba maghiară. La acestea se adaugă mai multe centre de cercetare sau institute de cercetare autonome - Institutul de Pre- şi Protoistorie, Institutul de Studii Clasice, Centrul de Studii pentru Istoria şi Arheologia Dacică şi Romană, Institutul de Studii Central Europene (ISCE), Institutul de Istorie Orală, Institutului de Studii Internaţionale, Centrul "Altiero Spinelli" de studiere a organizării europene (CASSOE), Seminarul de Antropologie Istorică, Semonarul de Demografie istorică, Institutul Italo-Român de Studii Istorice, Centrul de Studii Antice şi Medievale, Centrul de Cercetări aplicate în Fenomenologie (CECAF). Facultatea de Istorie şi Filosofie are o misiune esenţială educaţională şi de cercetare, asigurată de un prestigios corp profesoral format din 77 profesori, conferenţiari, lectori şi asistenţi, pregătind specialişti în Istorie, Arheologie, Istoria artei, Arhivistică, Biblioteconomie şi ştiinţa informării, Studii iudaice, Etnologie, Relaţii internaţionale şi studii europene, Studii de securitate, Filosofie. In prezent, un număr de 1500 de studenţi urmează cursuri în cadrul Facultăţii de Istorie şi Filosofie, în limbile română, maghiară şi germană, la cele 9 specializări la nivel licenţă (3 ani) şi 15 specializări la nivel master (2 ani), şi în 3 domenii (Istorie, Filosofie şi Relaţii internaţionale şi studii europene) la nivel doctorat.